10μm高精度細胞地圖-更高的靈敏度、更高的分辨率
技術(shù)介紹
空間轉錄組學(xué)是活躍的研究熱點(diǎn)，2020年，該技術(shù)被Nature Methods評為年度技術(shù)方法之后，2022年，又上榜《Nature》年度值得年度關(guān)注的七大榜單技術(shù)。
Celatlas Space是賽圖基因基于“微球鋪設”空間編碼技術(shù)開(kāi)發(fā)的高分辨率空間轉錄組測序技術(shù)，可檢測組織不同位置細胞中的基因表達信息，基因檢出效率行業(yè)領(lǐng)先，在癌癥、免疫、神經(jīng)和發(fā)育等領(lǐng)域有著(zhù)令人期待的應用前景。
技術(shù)原理
Celatlas Space一張玻片對應1-4個(gè)捕獲區域，每個(gè)捕獲區域大小為6×6mm/10×10mm，并密集分布約36萬(wàn)/100萬(wàn)個(gè)10μm直徑的捕獲位點(diǎn)，相鄰捕獲位點(diǎn)中心距離10μm（空間分辨率），每個(gè)位點(diǎn)上合成1種barcode，通過(guò)芯片解碼確定序列的物理坐標位置，利用poly(dT)來(lái)捕獲組織切片的mRNA，從而進(jìn)行建庫測序和空間基因表達數據生成。
空間組學(xué)產(chǎn)品
Celatlas Space ，是賽圖基因自研自產(chǎn)的高分辨、高靈敏的空間組學(xué)一站式解決方案，產(chǎn)品包括透化芯片及透化試劑盒，基因表達芯片及建庫試劑盒，微型全自動(dòng)熒光顯微鏡以及生信分析軟件。
實(shí)驗流程
1.組織透化優(yōu)化流程
透化芯片上載有核苷酸捕獲探針，與組織切片結合后通過(guò)探針原位抓取組織內的mRNA分子，再利用帶有熒光標記的核苷酸進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過(guò)熒光顯微成像可以快速判斷特定組織的*佳透化時(shí)間。
2.空間轉錄組工作流程
組織表達芯片上載有具有空間坐標信息的捕獲探針，與組織切片結合后通過(guò)探針原位捕獲組織內的mRNA分子并進(jìn)行cDNA合成。研究人員通過(guò)NGS測序和配套的可視化分析工具，可獲取特定樣本10 μm分辨率下的空間基因表達模式信息。
樣本要求
技術(shù)優(yōu)勢
數據展示
1.透化條件優(yōu)化
不同組織所需透化時(shí)間不同，正式實(shí)驗前需進(jìn)行透化條件測試。以腦組織為例測試不同透化時(shí)長(cháng)，以組織形態(tài)完整，熒光值*強且無(wú)彌散為*佳透化時(shí)間的判斷標準作為正式建庫實(shí)驗的透化條件。
2.小鼠腦空間基因表達
在10μm空間分辨率下，UMI中位數可達422，基因中位數高達337。將基因表達信息與組織切片的位置信息相結合，直觀(guān)展示細胞類(lèi)型在組織切片上的空間分布以及差異基因的空間分布。
3.生信分析流程
賽圖的數據可以對接現有分析工具stereopy或scanpy，開(kāi)展當前大部分主流分析。
4.基因檢出性能優(yōu)異
在對小鼠大腦組織樣本進(jìn)行的平行測試實(shí)驗中，賽圖基因開(kāi)發(fā)的Celatlas Space平臺擁有更高的靈敏度。相較現有頭部商業(yè)化空間轉錄組學(xué)平臺，同一物理分辨率（選取10×10 μm Bin）下，平均轉錄本檢出數量提升3-87%，平均基因數提升40-67%。
應用場(chǎng)景
空間轉錄組技術(shù)可在細胞和組織水平上揭示基因表達的空間分布，揭示在特定時(shí)空維度生命活動(dòng)過(guò)程的關(guān)鍵分子信息，被應用于生命科學(xué)領(lǐng)域基礎研究、轉化研究、病理研究、新藥研發(fā)等諸多科研場(chǎng)景，包括但不限于輔助尋找神經(jīng)退行性疾病相關(guān)的分子及其機制、構建各臟器亞細胞空間圖譜以及空間發(fā)育圖譜、腫瘤的免疫治療以及為復雜病理提供空間組學(xué)方面的理解。
訂購信息
賽圖基因(Celatlas)成立于2022年11月，坐落于杭州市基因小鎮，是一家專(zhuān)注于空間組學(xué)創(chuàng )新解決方案的生命科技企業(yè)，致力于從細胞到生物組織多維度的空間基因檢測，助力數字生命研究和精準醫療診斷。公司產(chǎn)品包含空間組學(xué)芯片、試劑盒、微型熒光顯微鏡和分析軟件4款產(chǎn)品，目前已推出國內首款10μm分辨率空間轉錄組學(xué)一站式解決方案。
賽圖基因科技（杭州）有限公司
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